Qual a diferença entre acessar os e-mails via Webmail, POP ou IMAP?

Para acessar seus e-mails através do Webmail não é necessário a utilização de um programa de e-mails, como o Outlook, Entourage ou Thunderbird, por exemplo. Basta apenas utilizar um navegador (como Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Internet Explorer etc).

Para ter acesso ao webmail digite em seu navegador o endereço http://webmail.dominio.com.br ou  http://webmail.dominio.com.br (substituindo “dominio.com.br” pelo seu domínio real).

Para utilizar o seus e-mails via POP (ou POP3) é necessário a utilização de um programa de e-mails.
O protocolo POP3 é um protocolo offline no qual, o software de e-mails conecta-se ao servidor, realiza o download das mensagens e após esse processo, finaliza a conexão. Esse protocolo tem acesso apenas à caixa de entrada, não conseguindo baixar, ou ao menos visualizar nenhuma outra pasta de sua conta.
O acesso via POP baixa as mensagens do servidor e salva as mesmas localmente em seu computador, por padrão não deixando uma cópia das mensagens no servidor, a menos que seja marcada a opção de manter cópia no servidor.
Esse tipo de configuração é recomendado para quem precisa acessar os e-mails em apenas um local, ou possuem redes com largura de banda baixa.

Para utilizar o seus e-mails via IMAP é necessário a utilização de um programa de e-mails.
O protocolo IMAP é um protocolo online no qual, o software de e-mails conecta-se ao servidor, realiza a sincronia das mensagens e após esse processo, mantém a conexão para que as alterações e mensagens novas recebidas sejam atualizadas quase que em tempo real. Esse protocolo tem acesso a todas as pastas de sua conta e deixa o status das mensagens igual tanto no servidor como no software.
Esse tipo de configuração é recomendado para quem precisa acessar os e-mails em mais de um local, e precisa que os mesmo estejam sempre com o mesmo status.